Божидар Димитров е починал на рождения ден на дъщеря си Мария. Тя е родена на 1-ви юли 1981-а година. Връзката между двамата е изключително силна. Преди време професорът разказа в интервю как се е грижил за дъщеря си още от първите дни на раждането й и дори я е взимал със себе си на работа, докато е била бебе.
„На жена ми млякото спря на третия ден. А към 10-я ден тя замина по разпределение актриса в Благоевград. И малката остана с мен. На „Раковски“ има център за кърма. Там обаче даваха само по 200 грама на ден. Аз ходех, правех едни маймунджелъци и ми дава по 600 грама. И така си я откърмих. Разхождахме се из парка, заедно с книгата на доктор Спок под мишница. Абе, добра майка бях, признава професорът след толкова години. „Аз вече искам внуци, ама тя втори ротвайлер ми пробутва. И казва, че това ми е внучето“, заяви тогава проф. Димитров.
Предполага се, че причината за смъртта на проф. Димитров е белодробна емболия, разкриха негови близки. Известният учен страдаше от сърдечна недостатъчност и на няколко пъти беше в болница. Новината за кончината на учения обяви премиерът Бойко Борисов в социалните мрежи. „Изказвам съболезнования на близките и семейството на Божидар Димитров. Почивай в мир, приятелю! Поклон“, написа премиерът Бойко Борисов във „Фейсбук“. „Загубихме един голям българин. Сърдечни съболезнования на семейството и близките на Божидар Димитров. Почивай в мир, приятелю!“, написа във „Фейсбук“ и председателят на ПГ на ГЕРБ Цветан Цветанов. Проф. Божидар Димитров е бивш дългогодишен директор на Националния исторически музей, историк, автор на десетки книги, посветени на българската история. През март учреди движение „Кубрат“, но след това получи отказ то да бъде регистрирано.