Божидар Димитров е роден на 3 декември 1945 г. в Созопол, в семейство на бежанци от Източна Тракия. През 1959 г. завършва основното си образование в Созопол, а през 1964 г. – Механотехникума в Бургас. Работи няколко години на риболовни кораби, траулери – като моряк в „Океански риболов“. По-късно завършва история и археология в Софийския държавен университет, има докторат по история.
През 70-те години на XX век е командирован във Ватикана. Там в архива на Борджиите попада на част от „История на България“ на Петър Богдан Бакшев, написана през 1667 г.
През 1985 г. е утвърден за старши научен сътрудник II степен. В годините мнозина го титулуват като професор, през 2009-а той официално обявява, че е само доцент.
През 1998 г. Божидар Димитров е уволнен от поста след задочен конфликт с президента на Република България Петър Стоянов заради връщането на черновата на „История славянобългарска“, написана от отец Паисий Хилендарски в Зографския манастир. Оставката му иска и депутата от СДС Александър Йорданов през 1998 г. заради негово интервю от 1995-а пред столичен вестник, в което разказва пикантни истории със сексуален подтекст.
През 2001 г. е възстановен като директор на НИМ след конкурс.
Историкът се слави с атрактивните си разкази за археологически открития.
През 2001 г. рибари откриват в Созопол лодка еднодръвка, за която Божидар Димитров оповести, че е от времето на Ной. След двукратно изследване се оказва, че лодката е от XI-XIV в. и е изложена като такава в НИМ.
В края на юли 2010 г. Божидар Димитров съобщи, че са открити мощите на св. Йоан Предтеча в Созопол, което ще направи от родния му град втори Ерусалим.
Към находката има голям интерес, но негови колеги я отричат. Подобни са коментарите и по адрес на намерен скелет със забит в него прът, който историкът оприличи на вампир.
Самият той определя като най-големите постижения в кариерата си реставрацията на Боянската църква, Дряновския манастир и „Св. 40 мъченици.“
На Божидар Димитров е кръстен залив на Антарктида – широк 6,8 км, разположен на полуостров Велинград на брега Греъм. На входа на залива е разположен остров Камакуа. На 25 юни 2011 г. кметът Димитър Николов го обяви за почетен гражданин на Бургас. Почетен професор на Университета по библиотекознание и информационни технологии.
Два пъти е бил в листите за народни представители на БСП – в окръзи Кърджали и в Шумен през 1997 и 2001 година, но на по-задно, неизбираемо място.
Като член на Висшия партиен съвет на БСП в края на 2005 година Божидар Димитров се обявява открито против решенията на ръководството на БСП. Той не подкрепя кандидатурата на Татяна Дончева за кмет на София и подкрепя независимия кандидат Бойко Борисов, с когото е в приятелски отношения. За това си действие е снет от поста водач на групата на общинските съветници на БСП в Столичния общински съвет. След това престава да изпълнява поста, на който е избран, като не се явява на сесии.
Преди парламентарните избори в България през 2009 г. напуска БСП и застава в подкрепа на ГЕРБ. На изборите е избран за народен представител, след като е издигнат от ГЕРБ за мажоритарен кандидат в Бургаски избирателен район.
В първото правителство на ГЕРБ е назначен за министър без портфейл, който отговаря за Агенцията за българите в чужбина, Държавна агенция „Архиви“ и Дирекцията по вероизповеданията към Министерския съвет.
На 21 януари 2010 г. по предложение на Божидар Димитров за промяна в законодателството, срокът, в който кандидатите за българско гражданство ще трябва да получат отговор „да“ или „не“, ще е една година. Кабинетът на ГЕРБ приема предложение за промени в Закона за българското гражданство, които елиминират упълномощените лица при подаване на документите или при получаване на указите и задължават кандидатите за български паспорти да се явяват лично на интервю.
По оценки на министър Божидар Димитров в резултат от войни и преселения извън страната живеят 2 и половина милиона българи, които нямат българско гражданство. За разглеждане чакат 56 хиляди молби на такива българи. Според министъра на българите в чужбина промените ще ускоряват процеса и ще ликвидират корупцията. Тарифата за ускорено получаване на български паспорт била между 5 и 10 хиляди евро.
„Сега, когато човек знае, че в рамките на една година знае, че ще чуе „да“ или „не“ на молбата си – силно се съмнявам, че някой ще се бръкне да плаща толкова пари на някой корумпиран чиновник“, коментира министър Димитров.
През март т.г. създаде свое движение „Кан Кубрат“, което можеше да стане факт още месец по-рано, но професорът постъпи в болница заради грип.